Los vestigios arqueológicos ubicados en los parques arqueológicos nacionales se encuentran en espacios abiertos y están sometidos a condiciones climáticas y factores antrópicos, en algunos casos acciones vandálicas por parte de visitantes o habitantes locales, que aceleran los procesos naturales de deterioro y envejecimiento. Ello exige el desarrollo de labores constantes de conservación y monitoreo. 

Uno de los principales frentes de trabajo de los restauradores que adelantan investigaciones en los parques arqueológicos tiene que ver con el estudio e intervención preventiva sobre aquellos factores que causan el deterioro de los vestigios prehispánicos ubicados en los Parques Arqueológicos. En esta línea de acción se han desarrollado igualmente estudios de capacidad de carga, para establecer los límites máximos del número de visitantes que pueden soportar los sitios arqueológicos, y actividades de capacitación con los trabajadores de los parques, actores claves para el mantenimiento y la preservación del patrimonio arqueológico.  

De manera paralela se realiza el trabajo de conservación de las colecciones arqueológicas de las reservas y exposiciones de los museos ubicados en los parques arqueológicos Nacionales.   

Los programas de conservación llevados a cabo por el Grupo de Patrimonio en cada parque son: